Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
BRCA1P38398 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
BRCA1P38398 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms