Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A1P12109 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms