Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP3Q9Y6I4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.27■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.3 ms