Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms