Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
RPF1Q9H9Y2 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
RPF1Q9H9Y2 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
RPF1Q9H9Y2 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
RPF1Q9H9Y2 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms