Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4AQ9BY43 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms