Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms