Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIG3P49916 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIG3P49916 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
LIG3P49916 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms