Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC37.76■■■■□ 3.63
CUX1P39880 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.63
CUX1P39880 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CUX1P39880 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CUX1P39880 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CUX1P39880 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC37.75■■■■□ 3.63
CUX1P39880 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC37.74■■■■□ 3.63
CUX1P39880 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC37.73■■■■□ 3.63
CUX1P39880 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CUX1P39880 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
CUX1P39880 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CUX1P39880 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CUX1P39880 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CUX1P39880 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CUX1P39880 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CUX1P39880 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CUX1P39880 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC37.69■■■■□ 3.62
CUX1P39880 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
CUX1P39880 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CUX1P39880 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CUX1P39880 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC37.67■■■■□ 3.62
CUX1P39880 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CUX1P39880 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CUX1P39880 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.65■■■■□ 3.62
CUX1P39880 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CUX1P39880 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CUX1P39880 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CUX1P39880 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CUX1P39880 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.62
CUX1P39880 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.62
CUX1P39880 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
CUX1P39880 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms