Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SCN4AP35499 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SCN4AP35499 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SCN4AP35499 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms