Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD4P09016 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms