Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SHOX2O60902 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHOX2O60902 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms