Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
CCDC9Q9Y3X0 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms