Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP40Q9NVE5 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms