Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
EXOSC4Q9NPD3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms