Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
NUP88Q99567 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NUP88Q99567 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms