Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USF3Q68DE3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USF3Q68DE3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms