Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP39Q53GS9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 176.9 ms