Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms