Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIG3P49916 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIG3P49916 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIG3P49916 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIG3P49916 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIG3P49916 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIG3P49916 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIG3P49916 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms