Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TNFRSF4P43489 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TNFRSF4P43489 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TNFRSF4P43489 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TNFRSF4P43489 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TNFRSF4P43489 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TNFRSF4P43489 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TNFRSF4P43489 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms