Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MRFAP1L1-201ENST00000320848 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ZNF718-202ENST00000609714 2772 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FGFR1-202ENST00000335922 4157 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CCDC163-203ENST00000626657 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ADAM15-209ENST00000449910 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GK-205ENST00000378946 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 OR2T32P-201ENST00000403423 963 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LINC00484-201ENST00000414768 561 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC010086.2-201ENST00000428616 226 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL157392.3-204ENST00000440878 397 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AK2-208ENST00000487289 920 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SMAD1-AS1-201ENST00000513542 481 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 UBR5-AS1-202ENST00000520820 800 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PDCD2-205ENST00000537445 1114 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NEAT1-204ENST00000612303 572 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 STT3A-211ENST00000529196 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ING4-201ENST00000341550 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NAMA-207ENST00000605707 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PPM1K-201ENST00000295908 1940 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ZNF568-206ENST00000455427 2378 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AICDA-201ENST00000229335 2819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ATG3-202ENST00000402314 3010 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SSTR3-201ENST00000610913 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC073862.3-201ENST00000624597 1648 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GORASP1-201ENST00000319283 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ALDH7A1-201ENST00000409134 4964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RHOH-219ENST00000614836 2114 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ZNF436-AS1-201ENST00000335648 2547 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FMNL3-205ENST00000550488 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GPR132-202ENST00000392585 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 STK16-202ENST00000409260 1493 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CAMP-201ENST00000296435 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SIRPB3P-201ENST00000340424 1216 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RGR-203ENST00000372092 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TCEAL5-201ENST00000372680 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 C6orf48-202ENST00000375635 610 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 C6orf48-209ENST00000395789 952 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 IQCF4-202ENST00000422896 745 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL512599.1-201ENST00000430724 685 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FKBP1B-205ENST00000452109 953 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC113391.2-201ENST00000512245 553 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC107959.3-201ENST00000520840 484 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CMTM1-219ENST00000533953 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ANAPC15-209ENST00000538919 849 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC211476.2-201ENST00000608799 708 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC127024.7-201ENST00000625101 200 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LINC01002-234ENST00000633808 848 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PNRC2-201ENST00000334351 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 BEND3P3-201ENST00000611030 2440 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RAB15-201ENST00000267512 3391 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 BIVM-202ENST00000448849 3198 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TMEM9B-202ENST00000525069 1433 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LINC02346-201ENST00000383019 1967 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ZNF570-202ENST00000586475 1985 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ATG9B-203ENST00000469530 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NDRG2-201ENST00000298684 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NR1H4-203ENST00000392986 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ALDH7A1-234ENST00000637782 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 BAIAP3-216ENST00000628027 4732 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CTRL-205ENST00000574481 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ENSA-208ENST00000369014 2085 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AP3M2-207ENST00000518421 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LBH-201ENST00000395323 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SOX21-AS1-201ENST00000438290 3287 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 Z98259.1-201ENST00000564261 1697 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms