Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AC010536.1-201ENST00000538868 2611 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CA10-202ENST00000442502 2935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE1-203ENST00000455697 4277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZMPSTE24-201ENST00000372759 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GLIPR2-202ENST00000377960 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 UNC13B-206ENST00000617908 6432 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 UNC13B-207ENST00000619578 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CCDC178-201ENST00000300227 3087 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 WDR60-202ENST00000407559 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ABCA3-202ENST00000382381 6446 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PAX8-205ENST00000429538 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 WDSUB1-201ENST00000358147 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CEACAM20-203ENST00000614924 1809 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC5A11-211ENST00000569071 1919 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP001258.1-201ENST00000501817 2110 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KCNH1-202ENST00000367007 3445 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MED16-204ENST00000395808 3420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 STXBP1-202ENST00000373302 3967 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GDA-203ENST00000376986 1771 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BCL2L11-217ENST00000610735 5120 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KIR2DL3-201ENST00000342376 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC12A6-205ENST00000458406 4425 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SH3BGRL3-202ENST00000319041 768 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP001462.1-201ENST00000594089 452 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ADAMTSL2-202ENST00000393060 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LMBR1L-201ENST00000267102 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MGAT4EP-201ENST00000330493 2810 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DDR1-262ENST00000508312 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 HAS3-202ENST00000306560 4220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KCNAB2-206ENST00000378097 4201 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 EPHB6-211ENST00000619012 4011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NAA60-214ENST00000572584 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LINC01749-202ENST00000607802 3408 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TMEM147-AS1-205ENST00000590717 3300 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RERG-201ENST00000256953 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BAG6-247ENST00000439687 3104 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 INHBC-201ENST00000309668 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BOLL-201ENST00000282278 2742 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KLHL12-203ENST00000367261 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 VAT1L-201ENST00000302536 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CTAGE13P-201ENST00000416709 2446 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FOXN3-219ENST00000615335 2421 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FAM131B-204ENST00000409578 4286 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LNP1-201ENST00000383693 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL162391.1-201ENST00000419853 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TLK1-202ENST00000360843 5726 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RNF170-206ENST00000527424 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SEC13-203ENST00000383801 1479 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP24-203ENST00000395184 4661 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DBF4B-202ENST00000393547 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RAB15-201ENST00000267512 3391 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FAM213A-204ENST00000372188 829 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SMIM11B-202ENST00000619874 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC5A11-201ENST00000347898 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC2A14-205ENST00000535295 1732 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF646-202ENST00000394979 8118 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms