Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms