Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
UPF3AQ9H1J1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms