Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG3P49916 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG3P49916 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG3P49916 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG3P49916 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG3P49916 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG3P49916 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG3P49916 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG3P49916 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIG3P49916 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms