Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms