Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms