Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 109.6 ms