Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VIMP08670 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VIMP08670 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VIMP08670 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VIMP08670 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VIMP08670 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VIMP08670 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VIMP08670 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VIMP08670 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VIMP08670 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VIMP08670 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms