Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL4A1P02462 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL4A1P02462 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL4A1P02462 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL4A1P02462 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A1P02462 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A1P02462 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms