Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NPHP1O15259 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP1O15259 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP1O15259 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms