Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CALCOCO1-218ENST00000550804 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 WSCD2-201ENST00000332082 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 IL1RL2-201ENST00000264257 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 BSDC1-201ENST00000341071 4599 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 GUSBP11-206ENST00000455485 3816 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TNRC6C-211ENST00000636222 7093 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 KRT17P5-203ENST00000445433 2333 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 WASF3-202ENST00000361042 4823 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 IL12RB1-203ENST00000593993 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 DLGAP3-202ENST00000373347 3856 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TG-201ENST00000220616 8450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AHI1-205ENST00000457866 5549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 UBE2I-204ENST00000397515 3109 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 GRHL2-201ENST00000251808 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MIER1-202ENST00000355977 3595 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MYO9A-202ENST00000424560 4008 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MATN1-AS1-201ENST00000414532 3925 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 UNK-205ENST00000589666 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 RRN3P3-202ENST00000551766 3366 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 INCA1-203ENST00000575780 1221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AC127024.7-201ENST00000625101 200 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CR383656.2-201ENST00000548656 2254 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 PNPLA6-204ENST00000545201 4502 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AL359845.1-201ENST00000458202 1648 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TDRD9-202ENST00000409874 4782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 ZNRF3-202ENST00000406323 2878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 C15orf41-208ENST00000566621 2866 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 GMEB2-201ENST00000266068 4559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 ZBTB7B-203ENST00000417934 4017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 RGS9-210ENST00000635833 2308 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 SLC5A5-201ENST00000222248 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 RGS6-203ENST00000402788 5400 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 OR6F1-204ENST00000641470 1762 ntAPPRIS P1 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 APPBP2-201ENST00000083182 6478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 TMEM56-201ENST00000370203 6822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 INTS5-201ENST00000330574 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 STARD13-202ENST00000336934 5917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 Z82170.1-201ENST00000625081 3192 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 KIF12-201ENST00000374118 2001 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 PCK2-216ENST00000561286 2012 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 FAM131B-203ENST00000409408 5856 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 CFAP43-201ENST00000278064 2963 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.55
PDLIM3Q53GG5 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 TMEM130-203ENST00000416379 2881 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PGAP2-202ENST00000300730 1843 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PGAP2-203ENST00000396986 1837 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PLB1-205ENST00000422425 5115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 ABCB9-203ENST00000346530 3399 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 FSTL4-207ENST00000621681 2660 ntTSL 5 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 SRPK3-208ENST00000489426 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 ERCC5-201ENST00000355739 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 NCS1-201ENST00000372398 4991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 NFATC1-205ENST00000427363 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 BCAR1-208ENST00000542031 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 KLB-201ENST00000257408 6082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 SLC35F1-201ENST00000360388 4852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 HMGCL-203ENST00000374490 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PLB1-201ENST00000327757 5107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PDE5A-202ENST00000354960 7154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 CLPB-209ENST00000538039 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
PDLIM3Q53GG5 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.56
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