Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC009093.9-201ENST00000566038 1611 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CALU-202ENST00000449187 2438 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MIR766-201ENST00000390223 111 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LIMS2-203ENST00000409254 867 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC01114-202ENST00000424321 2112 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PLAC9P1-203ENST00000440031 223 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC090589.3-201ENST00000524412 574 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 C14orf132-201ENST00000553764 562 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF268-219ENST00000611984 583 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MIR6165-201ENST00000614803 84 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF726-204ENST00000531821 1798 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TRAP1-201ENST00000246957 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC108024.1-201ENST00000626286 1721 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZDHHC8P1-202ENST00000418264 1403 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 NPNT-211ENST00000506666 2187 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 EGLN3-205ENST00000547327 2849 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SEM1-201ENST00000248566 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TEX33-203ENST00000405091 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SMCR2-201ENST00000456090 564 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC108112.1-201ENST00000505567 659 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DDIAS-204ENST00000525388 961 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC093072.1-201ENST00000589196 602 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SRP19-208ENST00000621420 1270 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 BX088651.4-202ENST00000428895 1479 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AL590399.1-202ENST00000429818 1480 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AL512625.1-202ENST00000476224 1480 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TBC1D17-209ENST00000622860 2370 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 B4GALT3-202ENST00000367998 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DRD2-210ENST00000544518 2473 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 BSCL2-203ENST00000360796 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CLUHP8-201ENST00000547527 1485 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TEPP-201ENST00000290871 1079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TAGLN2-201ENST00000320307 709 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AL606970.2-201ENST00000434596 470 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ADPGK-202ENST00000456471 808 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RN7SL69P-201ENST00000468423 272 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DLG4-206ENST00000485100 1004 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF677-207ENST00000598806 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AL139260.3-204ENST00000621281 609 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC116631.1-201ENST00000640685 576 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SNRNP27-201ENST00000244227 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 A1BG-AS1-203ENST00000594950 1718 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 LAMP2-201ENST00000200639 1867 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 DEGS1-202ENST00000391877 1345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CUX1P39880 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CPPED1-203ENST00000433677 1993 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 AL391903.1-201ENST00000407513 365 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 NUP210P2-201ENST00000510577 282 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 IFI27L1-209ENST00000555523 680 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CR936218.2-201ENST00000574252 759 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 MIR4309-201ENST00000582498 83 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 MIR5193-201ENST00000584510 109 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 AC016526.4-201ENST00000636059 517 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 KIR2DL4-204ENST00000359085 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CD34-203ENST00000367036 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 IP6K2-221ENST00000449610 1673 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 PROP1-201ENST00000308304 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CUX1P39880 RNASE8-201ENST00000308227 634 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 GZMH-202ENST00000382548 687 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 HYKK-201ENST00000388988 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 POLR3DP1-201ENST00000398689 1176 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 AL450322.2-201ENST00000421629 759 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 AC006001.2-202ENST00000439360 508 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 LINC01875-201ENST00000454477 660 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 CTB-178M22.2-201ENST00000519795 503 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CUX1P39880 TRPM1-210ENST00000559179 1002 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.3 ms