Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
TDP1Q9NUW8 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TDP1Q9NUW8 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
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