Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RPF1Q9H9Y2 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms