Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
CUX1P39880 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC38.2■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.2■■■■□ 3.71
CUX1P39880 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC38.2■■■■□ 3.71
CUX1P39880 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.2■■■■□ 3.71
CUX1P39880 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC38.19■■■■□ 3.7
CUX1P39880 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
CUX1P39880 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC38.17■■■■□ 3.7
CUX1P39880 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
CUX1P39880 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC38.16■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC38.16■■■■□ 3.7
CUX1P39880 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
CUX1P39880 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC38.15■■■■□ 3.7
CUX1P39880 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC38.14■■■■□ 3.7
CUX1P39880 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
CUX1P39880 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC38.14■■■■□ 3.7
CUX1P39880 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
CUX1P39880 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.13■■■■□ 3.69
CUX1P39880 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
CUX1P39880 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC38.12■■■■□ 3.69
CUX1P39880 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC38.12■■■■□ 3.69
CUX1P39880 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.12■■■■□ 3.69
CUX1P39880 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC38.12■■■■□ 3.69
CUX1P39880 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CUX1P39880 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC38.11■■■■□ 3.69
CUX1P39880 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CUX1P39880 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CUX1P39880 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC38.1■■■■□ 3.69
CUX1P39880 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CUX1P39880 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
CUX1P39880 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC38.09■■■■□ 3.69
CUX1P39880 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC38.09■■■■□ 3.69
CUX1P39880 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC38.09■■■■□ 3.69
CUX1P39880 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC38.08■■■■□ 3.69
CUX1P39880 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC38.08■■■■□ 3.69
CUX1P39880 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.08■■■■□ 3.69
CUX1P39880 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
CUX1P39880 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
CUX1P39880 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CUX1P39880 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CUX1P39880 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms