Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX2P35548 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX2P35548 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
MSX2P35548 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
MSX2P35548 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
MSX2P35548 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.32■■□□□ 1
MSX2P35548 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX2P35548 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX2P35548 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX2P35548 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX2P35548 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
MSX2P35548 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
MSX2P35548 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
MSX2P35548 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms