Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA9P31269 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXA9P31269 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA9P31269 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms