Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL9A1P20849 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL9A1P20849 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms