Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL3A1P02461 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
COL3A1P02461 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
COL3A1P02461 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
COL3A1P02461 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
COL3A1P02461 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
COL3A1P02461 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms