Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
SHOX2O60902 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms