Protein–RNA interactions for Protein: P0C0A3

Chmp6, Charged multivesicular body protein 6, mousemouse

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Chmp6P0C0A3 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Chmp6P0C0A3 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Chmp6P0C0A3 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Chmp6P0C0A3 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Chmp6P0C0A3 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Chmp6P0C0A3 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Chmp6P0C0A3 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Chmp6P0C0A3 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Chmp6P0C0A3 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Chmp6P0C0A3 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Chmp6P0C0A3 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
Chmp6P0C0A3 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Chmp6P0C0A3 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Chmp6P0C0A3 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Chmp6P0C0A3 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Chmp6P0C0A3 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Chmp6P0C0A3 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Chmp6P0C0A3 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Chmp6P0C0A3 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
Chmp6P0C0A3 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Chmp6P0C0A3 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Chmp6P0C0A3 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Chmp6P0C0A3 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Chmp6P0C0A3 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Chmp6P0C0A3 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Chmp6P0C0A3 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Chmp6P0C0A3 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
Chmp6P0C0A3 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Chmp6P0C0A3 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Chmp6P0C0A3 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Chmp6P0C0A3 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Chmp6P0C0A3 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms