Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZMIZ1-AS1-203ENST00000456353 2878 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 NRG1-201ENST00000287842 2035 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RN7SKP255-201ENST00000363442 313 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RN7SKP203-201ENST00000363618 332 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RN7SKP71-201ENST00000364558 318 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 7SK.1-201ENST00000365328 331 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 UBIAD1-201ENST00000376804 825 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL137244.1-201ENST00000422931 865 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CBR3-AS1-202ENST00000427491 741 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL773545.2-201ENST00000442149 472 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL162377.1-202ENST00000456688 1181 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC098820.2-201ENST00000457694 666 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC004893.2-203ENST00000482799 796 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC092910.2-201ENST00000491262 348 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC112484.2-201ENST00000498297 1298 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC147876.1-201ENST00000504408 322 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AP003040.1-201ENST00000532044 1024 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 BLOC1S1-202ENST00000548556 525 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC079336.3-201ENST00000577227 475 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CBR3-AS1-207ENST00000608641 777 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC005746.3-201ENST00000614751 393 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL450487.2-201ENST00000615934 407 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 FXYD4-204ENST00000616495 778 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PXK-210ENST00000479241 2817 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL772337.1-201ENST00000399186 2014 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 DRD2-210ENST00000544518 2473 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CNTNAP2-207ENST00000628930 1944 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 UGGT2-201ENST00000376712 2240 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC012531.1-201ENST00000562848 2680 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SLC4A11-207ENST00000539553 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 XAGE2-201ENST00000286049 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IL1F10-201ENST00000341010 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LYPLA2-203ENST00000374503 868 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IGLJ1-201ENST00000390320 127 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 HNRNPA1P33-201ENST00000421426 561 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 HDHD5-AS1-202ENST00000431923 616 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IGFL1-201ENST00000437936 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CIDEC-205ENST00000443115 443 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IL2RG-204ENST00000456850 540 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 BICD1P1-201ENST00000457832 1222 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TPT1P6-201ENST00000458298 514 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC233724.9-201ENST00000511694 407 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TIMM10-202ENST00000525158 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC078878.2-201ENST00000543451 286 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AP001094.3-201ENST00000580491 616 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LINC01444-201ENST00000580867 764 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 USE1-207ENST00000596136 637 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC010503.4-201ENST00000615487 688 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 NUTM2E-201ENST00000429984 3292 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SNCA-204ENST00000394989 3167 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 GOLGA8G-203ENST00000525590 2009 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 GOLGA8F-202ENST00000532622 2009 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ANAPC15-203ENST00000502597 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 GPN3-203ENST00000543199 1604 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SPRY2-201ENST00000377102 2708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AAR2-201ENST00000320849 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IL18BP-201ENST00000260049 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ZSCAN16-AS1-201ENST00000600652 2163 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 VOPP1-217ENST00000625836 1400 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PMF1-203ENST00000368279 1019 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 HNF1A-AS1-201ENST00000433033 612 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC027612.2-201ENST00000436174 1145 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TGFA-206ENST00000445399 812 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RN7SL578P-201ENST00000477781 283 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RN7SL523P-201ENST00000484401 298 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC093700.1-201ENST00000503348 717 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 C11orf58-207ENST00000525684 575 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 C11orf58-209ENST00000528634 776 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC105133.1-201ENST00000559749 742 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SEPT4-AS1-203ENST00000580769 1000 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AP001043.1-206ENST00000613045 730 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 MDC1-209ENST00000613547 830 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC245595.2-201ENST00000620141 1144 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PARP3-201ENST00000398755 2336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 DDX19B-213ENST00000568625 1681 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
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