Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TMUB2-215ENST00000592825 2151 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC102953.2-201ENST00000609755 3026 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PTPN5-205ENST00000477854 2826 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 YY1AP1-208ENST00000361831 2743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 GLP2R-204ENST00000574745 1882 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 KIF3A-201ENST00000378735 3266 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC040174.1-201ENST00000563003 2571 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DDX31-204ENST00000372159 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MRAS-205ENST00000474559 856 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PCDHB10-201ENST00000239446 3290 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 GMCL1-201ENST00000282570 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC125611.4-201ENST00000553259 4166 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AMOTL2-212ENST00000514516 4521 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MAGI1-218ENST00000621418 6225 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DYNC1I1-201ENST00000324972 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 BRPF1-205ENST00000433861 4304 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CRYBG2-201ENST00000308182 5245 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DYRK1B-202ENST00000348817 2448 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CDCA3-202ENST00000422785 2760 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC025594.2-201ENST00000609480 3902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TOR1AIP1-201ENST00000271583 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 NINL-203ENST00000422516 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 HECTD3-202ENST00000372172 3610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TOMM40L-209ENST00000545897 2807 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 COL6A1-201ENST00000361866 4238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CHIT1-201ENST00000255427 1598 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PTK7-205ENST00000352931 4023 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 NR4A2-209ENST00000426264 2642 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 ITPRIPL1-204ENST00000439118 1946 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AP001999.1-201ENST00000513405 3684 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 HNRNPUL1-204ENST00000392006 3555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CPEB1-213ENST00000617462 2068 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PPP1R11-205ENST00000376772 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MSNP1-201ENST00000511640 1732 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 NCSTN-201ENST00000294785 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PLPP6-201ENST00000381883 2944 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MAP7-202ENST00000432797 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TMEM192-203ENST00000506087 2225 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PGM1-202ENST00000371084 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 MAP7-201ENST00000354570 4152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AGAP2-203ENST00000547588 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 HMGA1P1-201ENST00000415560 1062 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 LINC00926-202ENST00000502027 2141 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 GFRA2-202ENST00000517328 2104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TBC1D3L-201ENST00000612727 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SYBU-217ENST00000528331 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 HAL-202ENST00000538703 2637 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DCAF5-209ENST00000557386 2883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms