Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RAPGEF3-205ENST00000449771 6061 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LRCH3-206ENST00000438796 7394 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SDF2-201ENST00000247020 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 STRIP2-202ENST00000435494 2866 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC005394.2-201ENST00000592347 3113 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 WHRN-201ENST00000265134 2847 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RHOH-224ENST00000622175 2254 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AP003969.2-201ENST00000623739 2275 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 KCTD7-201ENST00000275532 4795 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RRM2B-211ENST00000621845 3483 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MED16-202ENST00000312090 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 FAM200A-202ENST00000449309 2480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SELENOV-202ENST00000423711 1701 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LINC00567-201ENST00000569854 3409 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MTMR9-201ENST00000221086 7481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 OPRL1-202ENST00000349451 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SALL4P6-201ENST00000429385 1691 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PCDHB16-201ENST00000609684 5001 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 DISC1-221ENST00000620189 6689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 HINT3-201ENST00000229633 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PRDM16-206ENST00000511072 4282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CD99L2-208ENST00000613030 3742 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PPP1R8-202ENST00000311772 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SLC12A7-201ENST00000264930 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 TSPAN31-201ENST00000257910 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MAP7D2-204ENST00000452324 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 NTN4-203ENST00000538383 1971 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 GRIN1-202ENST00000371546 4114 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CDC20B-203ENST00000381375 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PSME4-202ENST00000404125 7099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC009975.2-202ENST00000634539 854 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SPATA7-217ENST00000556553 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 USH1G-202ENST00000614341 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 IKZF1-218ENST00000615491 5637 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SLC5A5-201ENST00000222248 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 BRSK1-206ENST00000590333 2977 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SLC39A11-202ENST00000542342 2752 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC092143.1-201ENST00000556922 2776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIG1P18858 WASHC2C-201ENST00000336378 4669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ADGRG3-201ENST00000333493 2728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 MTMR11-201ENST00000369140 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 ATG9B-203ENST00000469530 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PATL2-207ENST00000560775 1913 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC108024.1-201ENST00000626286 1721 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 JMJD6-208ENST00000617192 5517 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RBM15-203ENST00000602849 3368 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SPATA12-201ENST00000334325 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 NFATC2-203ENST00000414705 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AC005865.2-203ENST00000636557 2959 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AMPD2-219ENST00000528667 3134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIG1P18858 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms