Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS4AQ9UN37 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms