Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMD1Q9UGP4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMD1Q9UGP4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms