Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
EXOSC4Q9NPD3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 243 ms