Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM39Q9HCM9 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms